Pasca terjadinya krisis ekonomi dan moneter tahun 1998 yang berkepanjangan dan menurunnya nilai rupiah, rendahnya pertumbuhan ekonomi serta tingginya tingkat pengangguran, maka menjadi dasar untuk mengkaji ulang peran ilmu ekonomi umumnya Fakultas Ekonomi dan Bisnis sebagai Institut Lembaga pendidikan yang mencetak/meluluskan sarjana dan tenaga di bidang ekonomi.

Universitas Trisakti berada di tengah Kota Metropolitan Ibukota Republik Indonesia tempat berpusatnya berbagai aktivitas administrasi Pemerintahan, Perdagangan, Industri, Jasa, Pendidikan, Keuangan dan Perbankan serta menjadi tujuan wisata lokal dan asing. Sebagai pusat dari berbagai kegiatan yang demikian, maka sudah barang tentu merupakan pusat perputaran uang dan devisa dalam jumlah yang besar yang membutuhkan tenaga profesional keuangan untuk  menjawab tantangan tersebut maka pada tanggal 15 Juli 2004 keluarlah Suat Keputusan Rektor Universitas Trisakti Nomor: 196/USAKTI/SKR/VII/2004 tentang Pembentukan Tim Persiapan Penyusunan Fakultas Baru di Lingkungan Universitas Trisakti, dengan ketua DR. H. Muljatno Sindhudarmoko, yang sayangnya, ketika sedang dalam tahapan proposal, beliau berpulang kepangkuan Illahi Robbi untuk selamanya.

Dalam berbagai diskusi, Tim mengundang pakar-pakar keuangan baik Corporate Finance, International Finance, sebagai Micro Finance maupun Public Finance  dan Money Market  sebagai Macro Finance menyimpulkan bahwa lulusan dari berbagai disiplin ilmu yang ada di Indonesia khususnya Fakultas Ekonomi belum mampu menyiapkan tenaga siap pakai dibidang keuangan.Berdasarkan  hasil Studi Banding Tim yang dipimpin oleh Prof. DR. H. Sofyan Syafri Harahap, Ak, MACc (Alm.) ke beberapa Perguruan Tinggi di Luar Negeri, diperoleh gambaran bahwa pendidikan Ilmu Keuangan (School of Finance atau sejenisnya) telah banyak dibuka dan tim menemukan ada 150 mata kuliah atau setara dengan 450 sks dari disiplin Ilmu Keuangan yang belum diajarkan pada program studi yang ada di Indonesia. Dengan demikian maka pendidikan Ilmu Keuangan tidak hanya berpeluang untuk membuka pendidikan akademik dan profesional dengan jenjang pendidikan Sarjana Strata Satu (S-1), tetapi juga program lanjut Strata Dua (S-2) dan Strata Tiga (S-3) atau Program Doktor. Ketika wacana itu disampaikan kepada Departemen Pendidikan Nasional dalam bentuk Proposal Hasil Studi Kelayakan pada tahun 2005, diperoleh jawaban Diknas masih menggunakan paradigma  lama bahwa Ilmu Keuangan merupakan bagian dari Ilmu Ekonomi dan tidak dapat menjadi fakultas tersendiri. Kebuntuan dan penantian panjang tersebut akhirnya disepakati dengan win-win solution yaitu dengan diberikannya ijin operasional dari Direktorat Perguruan Tinggi (Dikti) Nomor : 422/D/T/2008 Tanggal 28 Januari 2008 dalam bentuk Program Sarjana Terapan Keuangan Fakultas Ekonomi dan Bisnis setara dengan S-1 dibidang Ilmu Keuangan dan lulusannya bergelar Sarjana Terapan Keuangan (S.Tr.Keu). Dengan keluarnya ijin operasional tersebut, maka Rektor Universitas Trisakti mengeluarkan Surat Keputusan Nomor: 047/USAKTI/SKR/II/2008 tentang Pembentukan Program Sarjana Terapan Keuangan Fakultas Ekonomi dan Bisnis Universitas Trisakti disusul dengan Surat Tugas Rektor Nomor : 040/D.04.Usakti/II/2008 tentang Kedudukan, Organisasi dan Personalia dibawah kepemimpinan Prof. Dr. H. Yuswar Zainul Basri, Ak, MBA sebagai Ketua Program dan Drs. H. Mulyadi S., MSi sebagai Sekretaris Program. Sejak bulan Juni 2013, Ketua Program dipimpin oleh Drs. Ishar Baharuddin, Ak. MBA, Sekretaris Program Drs. Masfar Gazali, MBA dan dibantu oleh Kepala Bagian Akademik Khirstina Curry, SE, ME; Kepala Bagian Adm. & Keuangan Drs. Suhadi, MM; dan Kepala Bagian Kemahasiswaan Dr. Muhadi, MM, MH, MBA.

Akreditasi kedua telah dilaksanakan pada bulan Juli 2017 dan telah mendapat penilaian “B” dari BAN PT dengan Surat Keputusan  Nomor: 2670/SK/BAN-PT/Akred/Dipl-IV/VIII/2017, tanggal 7 Agustus 2017 Tentang Hasil, Status dan Peringkat Akreditasi Program Studi Diploma Empat, untuk Program Keuangan, di Universitas Trisakti.

Pada tahun 2019 berdasarkan SKR No 3525/USAKTI/SKR/IX/2019 tentang Pembebasan dan Pengangkatan Ketua serta Sekertaris Progran Studi dalam lingkup Diploma IV Ilmu Keuangan FEB USAKTI maka Prodi Sarjana Terapan Keuangan sehingga pengelolaannya secara langsung berada dibawah FEB dengan diangkatnya Ketua Prodi Dr. Tri Kunawangsih P, MSi dan  Dr. Rinaldi Rustam, SE.ME  sebagai Sekertaris Prodi. Pada tahun 2020 terjadi perubahan struktur organisasi di Prodi Sarjana Terapan Keuangan, berdasarkan SKR No: 607/USAKTI/SKR/IV/2020 dengan diangkat kembali Dr. Tri Kunawangsih P, MSi sebagai Ketua Prodi dan Sekertaris Prodi adalah Dr.Agustina Suparyati, SE.ME.

Peningkatan mutu akademik terus ditingkatkan sebagai implementasi dari kurikulum untuk menghasilkan lulusan yang memiliki kompetensi sesuai dengan kebutuhan pasar. Sosialisasi dan promosi kepada masyarakat luas khususnya calon-calon mahasiswa baru secara intens dilakukan dan mendapat sambutan sangat baik. Jumlah mahasiswa Angkatan Pertama 2008/2009 sebanyak 78 mahasiswa, pada angkatan 2017/2018 sebanyak 151 orang mahasiswa, untuk angkatan 2018/2019 sebanyak 133 orang mahasiswa. Diharapkan tahun 2019/2020 atau angkatan keduabelas jumlah mahasiswa baru akan mencapai angka 170 orang mahasiswa, sehingga total populasi mahasiswa akan mencapai 900 orang mahasiswa, sedangkan jumlah alumni sampai dengan tahun 2019 sebanyak ± 850 Sarjana.